事业单位企业编制通常有两种情况，一是该单位除了有事业人员的编制外，还有的人员按企业用工对待，不占事业编制，他们属于工勤人员（也有事业编制的工勤人员）。二是单位除了事业编制外，另办有企业性质的单位，隶属于这个事业单位，该企业性质单位的人员当然身份是企业员工。
从待遇上看，理论上说，两者完全是不同的。工资标准/福利标准都执行不同的规定。这点在退休后的待遇就会更明显。而在实际上，很多单位因为工作需要，特别是混合使用不同编制人员的单位，往往把待遇搞成一样，以利于调动员工积极性，但这只是单位的搞法，换个领导也可以更改，或者有关领导机关要求改正也可以轻易地就改变了这种状况。
如果你想调动到另一个事业单位，你的企业编制肯定就不行了。当然，如今事业单位也搞聘用制，是签合同的。但不管怎么说，人事局管的就是事业编制的人员及他们的待遇（包括退休）。
