1、颁布机构不同：卫食健字是国家卫生部2004年及以前的批准号，卫生部对审查合格的保健食品发给《保健食品批准证书》，获得批准证书的保健食品允许使用卫生部规定的保健食品标志。国食健字由国家食品药品监督管理局批准的产品批准文号，保健食品的质量标准由国家质量监督检验检疫总局颁布。
2、格式不同：卫食健字格式有：国产保健品批号格式是：卫食健字（年号）第××××号。进口保健品批号格式是：卫食健进字（年号）第××××号两种。国食健字格式有：国产保健品批号格式为：国食健字G+4位年代号+4位顺序号，进口保健品批号格式为：国食健字J+4位年代号+4位顺序号两种。
3、有效性不同：自2004年国家成立食品药品管理监督局后，卫食健字号一律要重新审批转为国食品健字号。国家食品药品监督管理局对保健食品生产企业原来批准的证书重新登记审核，以往两种批准文号卫食健字及国食健字被统一规范为国食健字。
