东汉建安二十一年（ 216 ），刘备分朐忍地置羊渠县，治城今长滩 , 为万州建县之始。蜀汉建兴八年（ 230 ），省羊渠置南浦县，治城迁至今万州区南岸。
西魏废帝二年（ 553 ），改南浦为鱼泉县，徙治江北（今万州区环城路）。北周时期（ 557 － 584 ），先改鱼泉县为安乡县，后又改万川县，与南州和万川郡同治。
隋开皇十年（ 598 ），废万州郡，改万川县为南浦县，与南州同治。炀帝大业三年（ 607 ），省南州、南浦县归属巴东郡。
唐武德二年（ 619 ）置南浦郡，领梁山、南浦、武宁 3 县；武德八年改南浦郡为浦州。贞观八年（ 634 ）改浦州为万州，天宝元年（ 742 ）改万州为南浦郡，乾元元年（ 758 ）恢复万州，仍与南浦县同治。
元世祖至元二十的年（ 1283 ），省南浦县入万州，领武宁一县。
明洪武四年（ 1317 ），并武宁县入万州，六年（ 1373 ）降万州为万县。
民国二十四年（ 1935 ）设万县专区。
1992 年 12 月国务院下文撤销万县地区建制设万县市（地级市），辖龙宝区、天城区、五桥区、开县、梁平县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县、城口县 3 区 8 县。
2020年8月5日，创建万达开川渝统筹发展示范区统计联席会议在达州召开，达州市，重庆市万州区、开州区和云阳县四地统计局就统计工作协同发展进行了深度交流，协商建立跨行政区域统计合作机制，并签订了《创建“万达开”川渝统筹发展示范区统计战略合作协议》。
