1、管理范围不同：水务局的管理范围大于水利局，因为水务局除了具备水利局的管理职能外，还管理城市排水工程建设。同一地区设立了水务局，便不再设水利局。
2、所属部门不同：水利局是自来水公司（供水公司）的上级部门，就是自来水的领导部门。水务局是行政事业部门，自来水是事业单位，靠自收自支。
3、管理职能不同：上级主管部门依次都是省水利厅、水利部，部分城市在水务体制改革后把水利局改为水务局，针对城市管理特点强化了城市供水、排水等市政管理职能，而相对农田水利建设方面就没有那么突出，故更名水务局。可以理解为水务局在原水利局的基础上强化了涉水市政管理职能。
