沙果林那穆吉林岭东端的扎来掌。南东东流经木里盆地、江仓盆地、默勒盆地、门源盆地，在门源县克图以下逐渐转南东流，再转南流至民和县享堂与湟水汇合。大通河在默勒乡以上主要流经草原沼泽地带，河道较为顺直，河面较宽阔。默勒盆地与门源盆地之间流经山区时河道曲折，河床较窄，至门源盆地河道较宽，多分流，多心滩，河床最宽可达2000米左右。门源以下主要流经山区，河水下切强烈，深度多在200-300米，峡谷较多，峡谷最窄处河床仅20-30米。大通河从源头到汇入湟水，除下游一小段流经甘肃连城，红古地区外均在青海境内。干流先后流经天峻、刚察、祁连、门源、互助、民和6个县。先后汇入支流百余条，其中河道长度大于50公里的有永安河，其他支流均较短。干流和支流以羽状水系为主。
