一、江苏省运河中学建校初始
江苏省运河中学建校于1956年，建校时的校址在原二招院内（今江南苑），是邳县第一所公立完全中学。占地三十一点五亩，房屋八十间。建筑的格局是“工”字形的，前后是学生的两排教室，中间部分是长廊，长廊中间有3、4间办公室。首任副校长周友文主持工作，副教导主任刘益新，副总务主任刘民选，教职员工30人。四个中学班（高一、初一各两个班），附设两个速成师范班，学生二百九十人。
1959年7月，学校增班，迁到现运河中学初中部校址，原徐州师专院内，经两次扩征土地，占地93.73亩，校舍140间。1959年夏，运河中学的第一届毕业生在新校区毕业。
二、江苏省运河中学文革时代
文革中的运河中学，和全国其他学校一样动荡不安。1966年6月16日，运河中学的第一张大字报在画廊贴出，于是进入了混乱的文革时期。当时大字报的内容主要是批判“资产阶级知识分子”，不久，一位俄语教师因受巨大的思想压力，自杀而死。然后批判的矛头又指向一些班主任，共有5个班主任受到批判。这时工作组进校，不久，又贴出批“资本主义走资派”的大字报，王民校长（第四任校长）遭到批判。造反派分为两派，一派叫官办红卫队的，这一派参加者学生会、团支部干部没参加，他们在批王民校长的也有保护县委的倾向。不久又分出一派，叫“毛泽东思想红卫兵”派，这一派的团支部、学生会干部多，因为他们对王民校长批判迟缓，受到压抑，但自从建立司令部后，发展很快。学生们开始大串连，走向社会，一派反县委，一派扔保县委。校园内有的学生荷枪巡逻，气氛紧张，学校仪器被砸，图书室被抢，学校设备受到严重破坏。著名的文革二月风暴后，约1967年2月9日，在邳县开展了向县委夺权革命，进行无产阶级专政。约有半年多无法上课，在夺权中，又形成“支派”、“踢派”。这两个派系到北京谈判有一年多。到1968年底，1969年春，工宣队、军宣队进校。在学校建立革委会。军宣队代表是运河中学革委会陈主任，王民是副主任（王民又被解放出来）。接着进行清理阶级队伍（清队），开始负责查“516”反革命集团，审查对象到占城果园的党校去集中学习。几位教师受到隔离审查，但运河中学并未真的抓到“516”分子。
