太阳黑子是发生在太阳的光球层。光斑、临边昏暗、米粒组织等现象也发生于光球层。暗条、日珥、谱斑（太阳耀斑）位于色球层。
太阳大气
太阳大气是太阳外边的大气层，从里向外为光球层，色球层和日冕层。
太阳大气的温度在光球500km之上的色球边缘温度最底约4500km，然后随高度增长，在过渡区温度迅速增长，在10000km高度的日冕区底层边界，温度已达到10的6次方以上。
太阳大气层结构示意图
太阳黑子
太阳的光球表面有时会出现一些暗的区域，它是磁场聚集的地方，这就是太阳黑子。黑子是太阳表面可以看到的最突出的现象。一个中等大小的黑子大概和地球的大小差不多。
长期的观测发现，黑子多的时候，其他太阳活动现象也会比较频繁。黑子附近的光球中总会出现光斑，黑子上空的色球中总会出现谱斑，其附近经常有日珥（暗条）。绝大多数的太阳爆发活动现象也发生在黑子上空的大气中。因此，从太阳大气低层至高层，以黑子为核心形成一个活动中心——太阳活动区。黑子既是活动区的核心，也是活动区最明显的标志。
日珥与耀斑
1.在日全食时，太阳的周围镶着一个红色的环圈，上面跳动着鲜红的火舌，这种火舌状物体就叫做日珥，日珥是在太阳的色球层上产生的一种非常强烈的太阳活动，是太阳活动的标志之一。
2.太阳耀斑是一种最剧烈的太阳活动。周期约为11年。一般认为发生在色球层中，所以也叫“色球爆发”。其主要观测特征是，日面上(常在黑子群上空)突然出现迅速发展的亮斑闪耀，其寿命仅在几分钟到几十分钟之间，亮度上升迅速，下降较慢。特别是在耀斑出现频繁且强度变强的时候。
