物质循环在生态系统之间进行，生态系统的物质循环是指无机化合物和单质通过生态系统的循环运动。生态系统中的物质循环可以用库和流通两个概念来加以概括。
物质循环
生态系统中的物质循环，在自然状态下，一般处于稳定的平衡状态。也就是说，对于某一种物质，在各主要库中的输入和输出量基本相等。大多数气体型循环物质如碳、氧和氮的循环，由于有很大的大气蓄库，它们对于短暂的变化能够进行迅速的自我调节。
物质循环速率
物质循环的速率在空间和时间上是有很大的变化，影响物质循环速率最重要的因素有：
1、循环元素的性质：即循环速率由循环元素的化学特性和被生物有机体利用的方式不同所致；
2、生物的生长速率：这一因素影响着生物对物质的吸收速度和物质在食物链中的运动速度；
3、有机物分解的速率：适宜的环境有利于分解者的生存，并使有机体很快分解，迅速将生物体内的物质释放出来，重新进入循环。
