迷你鹦鹉鱼繁殖后最好隔离，隔离方式最好是在鱼缸中加专用繁殖盒，避免直接把鱼捞出水。孵化后的迷你鹦鹉鱼可以吃细碎的蛋黄，起飞之后可以开始吃红线虫、丰年虾卵等富含蛋白质的食物。
迷你鹦鹉鱼繁殖后，可以让鱼卵单独隔离，或者母鱼和鱼卵一起隔离，防止小鱼孵化出来后被母鱼或其它大鱼吃掉。如果鱼缸中躲避条件较好，也隔离也是可以的。
隔离方式可以选择在鱼缸里面加专用繁殖盒，这样可以避免将鱼从水中捞出，造成水温、水质的剧烈变化。迷你鹦鹉鱼产卵后，在15～20度左右的水温条件下大概一周就能孵化。
孵化几天后的小鱼可以喂细碎的蛋黄，当小鱼起飞后，可以喂红线虫、丰年虾卵等蛋白质丰富的食物，促进它快速成长。
