南瓜子的皮是能吃的，吃了后没有什么副作用，但是不好咬烂，下咽感觉粗糙，也不易消化，可能会损伤消化道，因此大多数人都是不吃的。如果是嫩的南瓜子，可以吃皮；如果是老的南瓜子，一定要咀嚼碎了吃，或者研成粉吃。如果不想吃皮，可以用手将皮剥开，直接吃里面的种仁。
南瓜子晒干后，皮比较软，且是和里面的果仁是分开的，还是比较好剥的。剥的时候用手剥，不要像嗑瓜子那样用牙齿来嗑。如果用牙嗑，大量唾液会粘在瓜子皮上而丢失，容易造成上火和口腔溃疡。当然了，也有嫌麻烦的人选择带皮嚼碎再吃，实际南瓜子的皮不易消化，去皮吃较好。
