侧滤鱼缸吸粪便的原理是，水泵把水从过滤部分抽向鱼缸，溢出的水通过溢流口流入过滤部分的第一格，再，在隔板的引导下流经各种滤材，并从最后一格通过水泵再次送入鱼缸，如此循环下去。使用侧滤鱼缸，好处是不影响鱼缸的正面视觉美感。
用玻璃在鱼缸背部或侧部隔出一部分做过滤，鱼缸内部同时分成几小格，用于放置过滤设备和循环泵，一边设有溢流口。
当水泵把水从过滤部分抽向鱼缸时，鱼缸溢出的水通过溢流口流入过滤部分的第一格，在隔板的引导下流经各种滤材，最后一格通过水泵再次送入鱼缸，如此循环。
过滤设备放置在侧滤、背滤，适当放置不影响鱼缸的正面视觉美感。即使停电，侧滤鱼缸也没有水漫金山的忧虑。
